对于加班两小时内是否算加班并涉及违法问题，根据《中华人民共和国劳动法》的规定，超出每日8小时的工作时间应视为加班，并支付相应加班费。若雇主未按照法律规定计算加班时间并支付加班费，可能违反劳动法的规定。长期忽视这一问题可能影响劳动者的权益，引发劳动纠纷，并对公司声誉造成负面影响。
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对加班未算入的情况，您可以采取以下措施：首先，尝试与公司进行沟通，要求将加班时间纳入计算并支付加班费；其次，收集相关证据，如工作记录、考勤记录等，以证明加班的事实；最后，如有需要，可以咨询劳动监察部门或律师，了解如何维护自己的合法权益。建议优先考虑友好沟通的方式解决问题，若沟通无果，再考虑采取法律手段。
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若公司未将您的加班时间视为加班，您可以首先与公司的人力资源部门进行沟通，明确工作时间计算方式并要求公司按照法律规定进行调整。同时，建议您保留相关证据，如工作邮件、加班申请记录等。若沟通无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。选择何种方式需根据您自身权益受损的程度和证据的充分性来决定。